Premessa: mi sono organizzato questa settimana con una serie di incontri e cazzi e mazzi tra cui la visita dal mio dottore, un viaggio per cercarmi un altro lavoro, un altro viaggio per andare a Cagliari per l'attuale lavoro, un altro colloquio a Milano tra qualche giorno e se non sbagliio ci sono pure due fornitori che devo vedere, ed uno m'ha chiesto di passare il weekend assieme al mare.
Avevo colto la palla al balzo della visita dal dottore per mettere assieme visita e viaggio sotto il grande ombrello delle ferie. Che sono riuscito a combinare? Beh: ho scritto sbagliato sull'agenda che la visita era oggi e non domani, quindi convintissimo ho organizzato il viaggio per il colloquio domani.
Dopo una bell'oretta di attesa davanti all'ambulatorio decido, d'accordo con le infermiere di tornarmene a casa.
Arrivato a casa ricontrollo tutti i documenti e mi rendo conto d'essere un cretino e di aver sbagliato a riportare le date in agenda. Scrivo un'email al mio doc e nel frattempo lui mi chiama. Fortuna non c'è nulla di preoccupante e quindi arrivederci ad ottobre.
Effettivamente già la giornata era iniziata storta quando mi sono sentito accusato di non dire le cose in faccia ma di mandarle a dire via blog. Dicono che Socrate non volesse scrivere perchè la parola scritta non si può difendere: beh, Socrate era uno sprovveduto perchè tanto le persone penseranno quel che vorranno comunque, indipendentemente dal fatto che la parola sia scritta oppure no.
Comunque, ho imparato che se qualcuno ha qualcosa da chiedere perchè si sente tirato in ballo in cose che magari non lo riguardano, prende la briga di consultarti, e se non lo fa amen, non è un problema tuo. In tutto questo scorrere surreale del tempo, continuo a scrivere con il solo intento di usare la scrittura come esercizio di logopedia e mi rendo invece conto che dovrei scrivere pensando a come può interpretare chi legge. Non ho voglia di farlo però. Non lo trovo utile.
Forse è una giustificazione... ...forse no. Sicuramente è un messaggio molto chiaro, decisamente ed esplicitamente indirizzato ad una persona.
Ieri notte a Milano c’è stata la notte bianca. Ieri notte ho, come al solito, letto molto: sono mesi che saccheggio informazioni da Internet, che giro su qualunque sito e leggo qualunque cosa in letteratura. PubMed ancora non ha indicizzato il contenuto di un articolo estremamente interessante che è stato pubblicato su Virology di giugno, e che segue un altro articolo sempre sulla stessa citidina deaminasi, invece di Maggio.
Ci sono molte ragioni per cui quest'articolo è molto interessante. Innanzitutto perchè si può mettere come ultimo punto di un processo che, a partire dal lavoro sul sequenziamento del genoma umano di Dulbecco (quest'anno il Dottor Dulbecco, premio nobel Italiano, ora a La Jolla ha festeggiato 92 anni, auguri Dottore!), corona ora con un meccanismo di protezione cellulare ancestrale del nostro codice genetico.
Andando con ordine: nel 1977, ad un discorso alla Fondazione Rusconi, il Dottor Dulbecco fa notare che, quando pensiamo a virus capaci di causare modifiche metaboliche alle cellule, tali da causare ad esempio tumori, dovremmo anche prendere in considerazione l'idea che i virus stessi, una volta integrati col nostro DNA, possono essere tramandati di generazione in generazione, e che quindi, non sia tanto irragionevole pensare a 'virus endogeni' nel DNA umano.
Il 2003 ha segnato un punto miliare all'interno della ricerca sul genoma umano, il progetto genoma umano fu terminato, e le informazioni (per quanto non alla massima risoluzione) sono iniziate ad essere disponibili. Da qui tutta una serie di considerazioni trovarono una base sperimentale.
Il progetto genoma ha dimostrato che una infima parte del nostro codice è dedicato a codificare (in modo relativamente stabile) le proteine fondamentali per la nostra esistenza. E che c'è una larghissima parte del nostro codice, il cosidetto "junk DNA" - DNA spazzatura oppure in modo politically correct "non codificante", che sembrava non far nulla. Dico sembrava, perchè c'erano svariati indizi che probabilmente non era così. Uno di questo era ad esempio il lavoro della Dottoressa Barbara McClintock, premio nobel nel 1983 per i suoi 'geni ballerini'. La McClintock infatti, studiando il mais americano (quello striato e di tanti colori per capirci) notò che molto probabilmente il DNA non è 'codice genetico scritto sulla pietra' ma un sistema fluido, flessibile, in cui parte del genoma sembra 'traslocare' da una parte all'altra dando origine alla meravigliosa e molteplice varietà che esiste in natura.
Oggi sappiamo che nel nostro DNA c'è materiale nostro e materiale 'alieno' (alieno è latino! significa 'di altri', non 'di marziani'), e che il materiale alieno è in estrema abbondanza, oltre il 40% del totale, e che normalmente è reso silente da meccanismi d'inibizione cellulare ma che può essere risvegliato da diversi fattori, come per esempio lo stress o tossine.
Retrotrasposone è il nome del "retrovirus" che abbiamo ereditato dai nostri padri, ed è oramai codice genetico (normalmente fallato, a cui mancano proteine importanti quali quelle di Envelope, che gli permetterebbero di scappare dalla cellula ed infettarne altre, oppure proteine costitutive, quali una fallata trascriptasi inversa). I retrotrasposoni, oramai integrati nel nostro codice, continuano a copiarsi quindi da una parte all'altra, riescono ad aprire alcuni geni, inserirsi in mezzo, e, quando i meccanismi d'espressione genica della cellula entrano in esercizio, riescono a fornire un 'doppio canale' per l'espressione del gene. Infatti la proteina codificata può venire ricopiata in un doppio modo, variato ed invariato: insomma, la cellula riesce così a mantenere una 'copia di backup funzionante' e contemporaneamente 'prova' sequenze nuove.
Questo 'gioco' è chiaramente estremamente pericoloso, ed è per questo che esistono tutta una serie di meccanismi ancestrali che agiscono a regolazione di questo sistema. La cellula infatti ha come semplice baluardo, e baluardo che condividiamo con praticamente tutti gli esseri viventi piante comprese, il meccanismo d'interferenza ad RNA. In altre parole, se per caso veniamo invasi da un retrovirus, la cellula 'si accorge' (e bastano poche basi sembra) del codice estraneo, lo accoppia con pezzetti piccoli di proprio codice e quindi ne impedisce l'integrazione nel proprio genoma.
Ma un secondo metodo, forse quasi più potente del primo è stato scoperto: esistono delle proteine, le apoliproteine APOBEC3G che hanno una serie di svariati compiti. Innanzi tutto sembra che siano loro la causa di una copia altamente sbagliata dell'RNA in DNA virale. I ricercatori hanno notato infatti che l'integrazione del codice virale nella cellula ospite di solito implica una ipermutazione di una certa base in un'altra. Questo sostanzialmente significa che questa proteina interviene, con un analogo di copiare un file sul computer, sostituendo un informazione con un'altra e quindi generando codice 'inutile' per il virus o retrotransposone stesso.
Il modo in cui questo meccanismo sembra avvenire è affascinante. Una volta che il codice genetico virale si inizia ad esprimere, successivamente all'infezione, la APOBEC3G "s'infila" nell'involucro virale insieme ai sistemi e codice virale, e quindi, quando questo va ad infettare un altra cellula, ecco che entra in azione non tanto la trascrittasi inversa virale, ma quanto la APOBEC3G e manda la copia a pallino, sostanzialmente disattivando il virus e terminando l'infezione.
La APOBE3CG è la 'proteina che si nascondeva' di cui parlavano tutti e che agisce come baluardo contro infezioni virali endogene ed esogene. Sembra, il tallone di achille che il virus dell'HIV sfrutta, tramite una sua proteina tipica, la Vif (virion infectivity factor). La Vif infattti sembra inibire svariati meccanismi delle due 'dita di zinco' che la nostra proteina si ritrova, e quindi permette all'HIV di riprodursi indisturbato all'interno dell'organismo ospite.
Chiaramente tutta questa è ancora ricerca pura, ma è un passo enorme verso non solo la consocenza dell'attività del virus dell'HIV, ma in generale anche del nostro codice genetico. Se, come ad esempio sembra, i retrotransposoni con l'envelope diventano retrovirus, "è nato prima il virus o il retrotransposone"?
A stretto rigore di logica uno dovrebbe dire che è il retrotransposone...
Comunque, il riassunto dell'articolo recita che cito all'inizio recita:
"La APOBEC3G (APO3G), una citidina deaminasi con due domini di digitazione a zinco, inibisce la replicazione del virus dell'immunodeficienza umana tipo-1 in assenza della Vif. Qui forniamo un analisi molecolare completa della deaminasi e delle attività di legame agli acidi nucleici della APO3G utilizzando un sistema puro contenente un solo componente proteico, come ad esempio un enzima catalicamente attivo altamente purificato espresso in un sistema baculovirale. Diamo dimostrazione che la APO3G deamina le citosine solo nei filamenti di DNA singolo (ssDNA), mentre si lega efficacemente al DNA ed RNA singolo (ssDNA ed ssRNA), si lega al cinquanta percento all'ibrido DNA/RNA e poco al DNA ed RNA doppio. Inoltre, le specificità delle basi per la deaminazione e legame di ssDNA non sono correlate. La dimensione minima richiesta perche la APO3G si leghi ad un oligonucleotide di ssDNA nell'EMSA è di 16 nucleotidi. Abbiamo trovato interessante che, se le proteine di nucleocapside e l'APO3G sono simultaneamente presente nella stessa reazione non interferiscono l'un l'altra nel legare l'RNA, e si viene a formare un complesso contenente tanto l'RNA quanto entrambe le proteine. Infine, identifichiamo anche le attività funzionali dei domini di digitazione a zinco. Infatti, sebbene entrambi i domini abbiano la abilità di legare acidi nucleici, il primo dominio contribuisce maggiormente al legame e l'incapsidamento dell'APO3G più del secondo dominio. La deaminazione è altresì associata esclusivamente col secondo dominio. Inoltre, il secondo dominio di digitazione è più importante del primo per l'effetto antivirale, dando dimostrazione di una correlazione tra le attività di deaminazione ed antivirale."
Laboratory of Molecular Genetics, National Institute of Child Health and Human Development,1 Laboratory of Molecular Microbiology, National Institute of Allergy and Infectious Diseases, Bethesda, Maryland 208922
Ti piace la Shepherds' Pie? Nessun problema. Te la faccio io. Con due ore di preparazione ne faccio una quantità industriale. Come nella migliore tradizione, abbiocco postprandiale e ronfata sul divano in segno di approvazione del cibo cucinato. Sì, sì, nessun problema, ci mancherebbe... Ma ho capito esattamente come si sentiva il personaggio di Kathy Bates quando disperata s'è avvolta nel cellophane per un vestitino sexy ... rischiando l'asfissia.
No, non voglio arrivare a fare come lei... E sopratutto è meglio in Misery non deve morire. Poi vedi tu.
Adoro le feste di compleanno. Sono un'ottima occasione per fare dolci, cosa che mi piace tantissimo. Come ad esempio una Cheesecake a ricetta superoriginale da circa 2Kg. Che ora mi guarda semidepressa aspettando che la glassi con la coulisse di fragole addensata colla gelatina. Sempre nell'impeto creativo ho preparato la pat'à choux e ora mi avventuro in un classico della cucina francese, prima che i bignee decidano che la mia cucina è sede della loro Caporetto e tirino più umidità di quanto i navigli siano capaci di tenere.
Ieri sono stato apostrofato "ti chiamerò Nonna Papera, quando vengo da te sei sempre in cucina". Io penso che invece ti regalerò Aphrodite della Allende: non per esser snob, ma quando sto in cucina IO le penne non le perdo.
A parte il fatto che poi, avendo la parte di sala (beh, oddio... diciamo 'dove ci sta il divano') insieme colla cucina, è inevitabile che io sia in cucina...
... e se m'infilassi due bocchette spizzate nelle orecchie e dicessi di essere E.T.?